Proteiini, joka stabiloi syöpää hillitseviä mRNA:ita, osoittautuu keskeiseksi jarruksi rintasyövän etäpesäkkeille. Core Investigator @genophoria:n ja laboratorion @ScienceAdvances artikkeli jäljittää mekanismin RNA:n hajoamiseen ja RNA:ta sitovaan proteiiniin, jonka useimmat tutkimukset ovat jättäneet huomiotta.

Geeniekspressio kasvaimissa liitetään tyypillisesti geneettisiin ja epigeneettisiin muutoksiin. Mutta kun tiimi profiloi RNA:n hajoamisprosentteja kuudessa rintasyöpäsolulinjassa, pelkkä transkriptio jätti suuren osan ilmentymisen vaihtelusta selittämättä. Tuo aukko viittasi mRNA:n vakauteen.

Kartoittaakseen säätelijöitä tiimi kehitti GreyHoundin, syväoppimismallin, joka ennustaa transkriptin stabiilisuutta RNA-sekvenssien ominaisuuksista ja RNA:ta sitovan proteiinin (RBP) ilmentymisestä samanaikaisesti solutyyppien välillä.

Eniten ennustettu säädin oli RBMS3. CLIP-seq vahvisti suoran sitoutumisen AUA-rikkaisiin 3'UTR-elementteihin; toimittajan analyysit osoittivat, että nämä paikat ovat tarpeellisia ja riittäviä; SLAM-seq vahvisti, että vaikutus on jälkitranskriptio, ei transkriptio.

Toiminnallisesti RBMS3:n menetys lisäsi etäpesäkkeiden kolonisaatiota kahdessa itsenäisessä xenograft-mallissa. In vivo -CRISPRi-seulonta tunnisti sitten TXNIP:n, kasvaimen suppressorin, avainvaikuttajaksi. Epistasiskokeet vahvistivat, että RBMS3 toimii TXNIP:n yläpuolella estääkseen etäpesäkkeitä.

Goodarzi Lab palkkaa yhteisen postdoc-tutkijan. Katso Arc-avoimet roolit: