Protein, který stabilizuje mRNA potlačující rakovinu, se ukazuje být klíčovým brzdou metastáz rakoviny prsu. Článek z Core Investigator @genophoria a laboratoře z roku @ScienceAdvances sleduje mechanismus rozpadu RNA a proteinu vázajícího RNA, který většina studií přehlédla.

Genová exprese v nádorech je obvykle připisována genetickým a epigenetickým změnám. Když však tým profiloval míry rozpadu RNA napříč šesti liniemi rakoviny prsu, samotná transkripce nechala velkou část variability exprese nevysvětlenou. Tato mezera ukazovala na stabilitu mRNA.

Aby zmapovali regulátory za tímto systémem, tým vyvinul GreyHound, model hlubokého učení, který předpovídá stabilitu transkriptů na základě znaků RNA sekvenčních rysů a exprese RNA-vazebného proteinu (RBP) současně napříč typy buněk.

Nejčastěji předpokládaným regulátorem byl RBMS3. CLIP-seq potvrdil přímé navázání na prvky 3'UTR bohaté na AUA; reportérské testy ukázaly, že tato místa jsou nezbytná a dostačující; SLAM-seq potvrdil, že efekt je posttranskripční, nikoli transkripční.

Funkčně ztráta RBMS3 zvýšila metastatickou kolonizaci plic ve dvou nezávislých modelech xenograftu. In vivo CRISPRi screening pak identifikoval TXNIP, tumor suppressor, jako klíčový efektor. Epistázové experimenty potvrdily, že RBMS3 působí před TXNIP a potlačuje metastázy.

Laboratoř Goodarzi najímá společného postdoktoranda. Viz volné pozice v Arc: